EMDR fiziksel olarak açıklanamayan pek çok hastalıkta da başarılı olduğu araştırmalarda gösterilmiştir. Bunlarda bir tanesi örneğin kronik baş ağrısı ve migren olarak ele alınabilir.
İlk atak baş ağrısı migren atağı nasıl başladı ve bunun üzerine yapılan seansta da sonuç olarak görülüyor ki bu ağrıların şiddetinde zaman içerisinde acile başvuranlarda oldukça azalma görülmüştür. Buda EMDR nin bu hastalıklarda işe yaradığının göstergesi aslında.